2020年，中心设12个科室，分别为：
办公室（加挂“党建办”、“纪检监察室”、“政工人事股”）
主任：李焱
电话：0730-6678708
质量管理股
股长：郑汨霞
电话：0730-6678711
财务管理股
股长：余琦
电话：0730-6678729
财务专线：0730-6222138
后勤管理股（加挂“老龄办”、“工会办”）
股长：唐平凡
电话:0730-6678728
传染病预防控制股/应急办
股长：邱耀明
电话：0730-6678730
疫情专线：0730-6236373
免疫规划与生物制品股
股长：赖玲令
电话：0730-6678710
慢性非传染性疾病预防控制股（加挂“基本公共卫生项目办”）
股长：罗清均
电话：0730-6678712
艾滋病预防控制股/结核病预防控制股
股长：单怀宇
电话：0730-6678717
公共卫生健康危害因素控制股（加挂“创建办”、“学校卫生股”）
副股长：袁诚
电话：0730-6678719
检验检测中心
股长：张妹凤
电话：0730-6678707
体检中心
副股长：杨在庆（主持工作）
电话：0730-6678709
预防医学门诊
股长：邓湘林
电话：0730-6287882
其中传染病预防控制股与突发公共卫生事件应急处理办公室合署办公，艾滋病预防控制股与结核病预防控制股合署办公。各股室定编如下：
|
科室名称 |
定编 |
|
办公室 |
13 |
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质量管理股 |
3 |
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财务管理股 |
6 |
|
后勤管理股 |
7 |
|
传染病预防控制股/应急办 |
4 |
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免疫规划与生物制品股 |
8 |
|
公共卫生健康危害因素控制股 |
7 |
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慢性非传染性疾病预防控制股 |
5 |
|
艾滋病预防控制股/结核病预防控制股 |
7 |
|
检验检测中心 |
9 |
|
体检中心 |
15 |
|
预防医学门诊 |
8 |